Загальними особливостями усіх ферментів є: наявність активних (каталітичних) центрів (рис. 1) — ділянок, до яких приєднуються молекули субстрату. Ці ділянки у простих ферментах утворюють амінокислоти, а у складних — небілкові частини-кофактори (вітаміни, йони Купруму, Феруму, Магнію); наявність регуляторних центрів, до яких можуть приєднуватися різні молекули й спричиняти збільшення або зменшення каталітичної активності.  Регуляторні чинники, що підвищують активність ферментів, називають активаторами (йони кислот, жовчні кислоти для ліпаз), а ті, що зменшують, — інгібіторами (наприклад, катіони важких металів); специфічність, що визначається здебільшого комплементарною відповідністю між ділянкою ферменту й молекулою субстрату; залежність активності від певних умов (рН, температури, тиску, концентрації субстрату та ферментів); невитратність — прискорюють реакції, але самі при цьому не витрачаються та ін.

У сучасній ензимології відомо понад 3000 ферментів; їх класифікують за різними критеріями. За хімічним складом ферменти поділяють на прості та складні ферменти. Прості ферменти (однокомпонентні) містять лише білкову частину. Більшість ферментів цієї групи можуть кристалізуватися. Прикладами простих ферментів є рибонуклеаза, гідролази, уреаза та ін. Складні ферменти (двокомпонентні) складаються з білкового (апоферменту) й небілкового (кофактора) компонентів. Білковий компонент визначає специфічність ферментів, є чутливим до зміни температури. Небілковий компонент визначає активність складних ферментів. Кофактори можуть бути як неорганічними молекулами ( йони металів), так і органічними (вітаміни). Прикладами складних ферментів є оксидоредуктази (каталаза), лігази ( ДНК-полімераза, тРНК-синтетази) та ін. За типом реакцій, згідно з якою їх поділяють на 6 класів: оксидоредуктази, трансферази, гідролази, ліази, ізомерази та лігази. 

За біологічним значенням ферменти поділяють на: 1. Метаболічні ферменти — група ферментів, що каталізують анаболічні й катаболічні реакції у клітинах. Вони можуть міститися в гіалоплазмі (ферменти бродіння), в ядрі (РНК-полімераза, ДНК-полімераза), в мітохондріях (дегідрогенази й цитохроми дихального ланцюга), на рибосомах (синтетази білків), у хлоропластах (рибулозобіфосфаткарбоксилаза, або РуБісКо, — фермент фіксації СО₂) та ін. Метаболічні ферменти беруть участь у процесах дихання, росту, подразливості, скорочення м'язів тощо. У клітинах метаболічні перетворення субстратів здійснюються послідовно декількома ферментами. Кожний з цих ферментів каталізує певну ділянку загального метаболічного шляху. Сукупність ферментів, які каталізують перетворення субстрату через ланцюг послідовних реакцій, називається мультиферментним комплексом. Якщо хоча б один з ферментів каскаду не функціонує, то розвиваються захворювання. Порушення функціонування багатьох ферментів виникає також унаслідок нестачі в раціоні вітамінів, амінокислот, жирних кислот, макро- та мікроелементів.

2. Травні ферменти — група ферментів, що розщеплює складні органічні сполуки та їх комплекси до простіших. Вони належать до групи гідролаз, що каталізують реакції гідролізу. Так, у травному тракті хребетних тварин й людини наявні протеази (каталізують розщеплення білків), ліпази ( ліпідів), амілази (вуглеводів), нуклеази (розщеплюють нуклеїнові кислоти до нуклеотидів).

Серед ферментів є й такі, що захищають від токсичних речовин (наприклад, антиоксидантний фермент каталаза), від втрат крові (тромбін). Основним захисним ферментом багатьох організмів є лізоцим, що міститься в слизових оболонках і рідинах організму (слини, слізної рідини). Лізоцим розщеплює клітинні оболонки бактерій і захищає слизові оболонки від інфекцій.